تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی‌های ژنگانی

Authors

  • مصطفی صادقی دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
  • ناهید پرنا دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
Abstract:

با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP­)، پیش­بینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکان­پذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)‌های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی می­توان گروهی از حیوان‌ها را با تراشه­های با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشه­های کم­تراکم تعیین نژادگان­ (ژنوتیپ) کرد، سپس آن‌ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تأثیر سه تراشۀ کم­تراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد‌شده به تراکم بالای 10k و رابطۀ ­خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزش­های اصلاحی برآورد­شده در تراشه­های مختلف با استفاده از دادۀ همانند‌سازی­شده، بررسی شد. برای ساختن تراشه­های کم­تراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به‌صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرم­افزار FImpute صورت گرفت. به‌طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزش­های اصلاحی برآورد­شده به‌دست‌آمده از تراشه­های مختلف افزایش پیدا کرد. به‌گونه‌ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشۀ کم­تراکم 4k و تراشۀ متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگان­های تراشۀ 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابی­های ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصلۀ جمعیت مرجع و جمعیت­های تأیید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

تأثیر مقیاس ماتریس روابط خویشاوندی ژنگانی بر برآورد مؤلفه ‏های واریانس و درستی پیش‌بینی ارزش ‏های اصلاحی

در این پژوهش، روش برای پیش‌بینی فراسنجه‌های ناشناختۀ پنج مدل بهترین پیش‌بینی نااریب خطی ژنگانی (ژنومی G-BLUP) از روش بیز و نمونه‏گیری گیبس استفاده شد. در هر مدل از مقیاس­های متفاوتی برای ماتریس G شامل استفاده از فراوانی آللی جمعیت بنیان‌گذار (Gfoun)، فراوانی آللی جمعیت مرجع (Gref)، فراوانی آللی برابر با 5/0 (G05)، یک ماتریس نرمال شده با میانگین عنصرهای قطری برابر با یک (Gnorm) و یک ماتریس G وزن...

full text

تأثیر راهبرد‌های مختلف انتخاب حیوانات گروه مرجع بر درستی ارزیابی ژنگانی برای صفات با وراثت‌پذیری متوسط در جمعیت گاو شیری

یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف‌ترین حیوا...

full text

تأثیر برونگرایی و درونگرایی بر درستی ساختاری، روانی بیان و تراکم واژگانی مهارت گفتاری فارسی‌زبانان فراگیر زبان ژاپنی

تحقیق حاضر به منظور پاسخ به این سؤالطراحی شد که آیا نوع شخصیتی برون‌گرا یا درونگرای فارسی‌زبانان فراگیر زبان ژاپنی تأثیریبر میزان درستی ساختاری، روانی بیان و تراکم واژگانی گفتار ژاپنی آنها داردیا خیر. بدین منظور 65 نفر ازدانشجویانزبان و ادبیات ژاپنی که در دانشگاه تهران مشغول به تحصیل بودند، به عنوان آزمودنی‌هامورد استفاده قرار گرفتند. ابتدا از آنان خواسته شد تا به پرسشنامة شخصیتی آیزنکپاسخ دهند...

full text

Degenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers

In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...

full text

تأثیر پلی آمین ها بر ارزیابیهای کمی و کیفی اسانس گیاه دارویی بادرشبو (Dracocephalum moldavica L)

به منظور ارزیابی اثر پلی آمین های پوتریسین، اسپرمیدین و اسپرمین برعملکرد رویشی، میزان و ترکیبات اسانس گیاهدارویی بادرشبو آزمایشی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار با استفاده از سه نوع پلی آمین پوتریسین،اسپرمیدین و اسپرمین در شهرستان تبریزانجام شد. با توجه به موقعیت اکولوژیکی این منطقه برای تولید این گیاهمی توان با کاربرد پلی آمین ها به عنوان منبع ارگانیک و طبیعی اقدام به بالا بردن اس...

full text

تأثیر کیور کردن کامپوزیت Flowable بر میکرولیکیج ترمیم‌های کامپوزیت‌ قابل تراکم

Background and Aim: Because of polymerization shrinkage and high viscosity of posterior composites, there are some difficulties in using them in posterior restorations. Several methods have been represented to reduce the effect of shrinkage. The aim of this study was to investigate the effect of curing flowable composites under condensable ones in adaptation and microleakage reduction of poster...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 49  issue 1

pages  73- 81

publication date 2018-05-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023